Cara Koreksi Payroll yang Sudah Terlanjur Salah: Panduan bagi HR

Anda baru saja menekan tombol “kirim” atau bahkan dana sudah masuk ke rekening karyawan, lalu tersadar ada kesalahan angka di payroll. 

Tenang, Anda tidak sendirian. Situasi ini cukup sering terjadi di operasional HR, terutama saat proses masih dilakukan manual atau dikejar tenggat. 

Kesalahan payroll memang sensitif karena bisa berdampak langsung pada moral karyawan, kepercayaan internal, hingga kepatuhan pajak dan ketenagakerjaan. 

Kabar baiknya, kesalahan tersebut tetap bisa dikoreksi secara profesional dan terstruktur, mulai dari gaji kurang bayar, kelebihan bayar, hingga penyesuaian pajak yang menyertainya.

Untuk itu, mari pahami cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah di bawah ini!

Identifikasi Jenis Kesalahan Payroll

Sebelum memahami cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah, Anda harus mengidentifikasi dulu jenis kesalahannya. 

Adapun beberapa jenis kesalahan yang biasa terjadi yaitu:

1. Underpayment (Kekurangan Bayar)

Kekurangan bayar sering kali menjadi isu sensitif karena menyangkut hak dasar pekerja yang dilindungi oleh UU Ketenagakerjaan.

• Penyebab Umum: Salah input jam lembur (tidak sesuai rumus 1/173 x upah bulanan), lupa memasukkan bonus/insentif yang sudah dijanjikan, atau kesalahan data absensi yang mengakibatkan potong gaji otomatis.
• Risiko: Jika tidak segera dibayar, perusahaan dapat terkena denda keterlambatan sebesar 5% mulai hari keempat setelah tanggal gajian (PP 36/2021).

2. Overpayment (Kelebihan Bayar)

Kondisi ini biasanya lebih rumit secara administratif karena melibatkan penarikan kembali dana yang sudah masuk ke rekening karyawan.

• Penyebab Umum: Karyawan sudah resign di tengah bulan tetapi tetap terbayar gaji satu bulan penuh, atau kesalahan teknis (misal: typo pada nominal tunjangan).
• Risiko: Perusahaan harus bernegosiasi dengan karyawan karena pemotongan gaji untuk mengembalikan kelebihan ini tidak boleh melebihi 50% dari total gaji bulan berjalan sesuai aturan pemerintah.

3. Kesalahan Potongan

Kesalahan ini tidak selalu mengubah nominal bersih (take home pay) secara drastis, tetapi berdampak pada kepatuhan hukum (compliance).

• Penyebab Umum:
  • BPJS: Salah menentukan plafon (batas atas) upah untuk BPJS Kesehatan (Rp12 juta) atau tidak memperbarui data upah terbaru pada SIPP/Edabu.
  • PPh 21: Salah menerapkan kategori Tarif Efektif Rata-Rata (TER) berdasarkan status PTKP (Kategori A, B, atau C) sesuai aturan terbaru PER-2/PJ/2024.
• Risiko: Kurang bayar pajak dapat mengakibatkan sanksi bunga dari Direktorat Jenderal Pajak (DJP).

Langkah Segera: Apa yang Harus Dilakukan Pertama Kali?

Begitu menyadari adanya ketidaksesuaian data, HR tidak boleh menunggu hingga bulan depan. Berikut cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah:

1. Rekonsiliasi dan Validasi Data

Langkah pertama adalah mencari titik kesalahan dengan membandingkan data riil (absensi, surat keputusan bonus, atau data resign) dengan laporan payroll yang sudah diproses.

Hitung ulang selisih nominal bruto (gaji kotor) serta dampaknya pada iuran BPJS dan PPh 21. 

Pastikan Anda memiliki angka pasti mengenai berapa kekurangan atau kelebihan bayarnya sebelum melangkah ke tahap komunikasi.

2. Komunikasi dan Kesepakatan Tertulis

Berdasarkan aturan di Indonesia, pemotongan gaji akibat kelebihan bayar atau penambahan gaji harus diinformasikan secara transparan.

Hubungi karyawan yang terdampak. Jika terjadi kelebihan bayar, Anda wajib membuat kesepakatan tertulis mengenai skema pengembalian (misal: potong gaji bulan depan). 

Ingat batasan Pasal 65 PP 36/2021 bahwa total potongan gaji tidak boleh melebihi 50% dari upah per bulan.

3. Eksekusi Pembayaran atau Penyesuaian (Off-Cycle)

Jika terjadi kekurangan bayar, sangat disarankan untuk tidak menunggu bulan depan guna menghindari denda keterlambatan (5% per hari setelah hari ke-4 gajian).

Lakukan pembayaran melalui off-cycle payroll (transfer manual di luar jadwal). Jika terjadi kelebihan bayar, masukkan nominal pemotongan ke dalam sistem payroll periode berikutnya dengan keterangan “Koreksi Gaji Bulan [X]”.

4. Penyesuaian Pelaporan Pajak (PPh 21) dan BPJS

Setiap perubahan nominal gaji akan mengubah dasar perhitungan pajak dan iuran jaminan sosial.

• Jika selisihnya PPh 21 besar dan terjadi di bulan sebelumnya, lakukan Pembetulan SPT Masa PPh 21 di aplikasi e-Bupot. Jika dilakukan di bulan yang sama, sesuaikan perhitungan menggunakan tarif TER (Tarif Efektif Rata-rata) terbaru.
• Jika BPJS, gunakan fitur Adjustment atau Rapel pada aplikasi SIPP (BPJS TK) dan Edabu (BPJS Kesehatan) untuk menyeimbangkan iuran yang seharusnya dibayar.

5. Simpan Slip Gaji Revisi

Sebagai pemenuhan Pasal 53 PP 36/2021, perusahaan wajib memberikan bukti pembayaran upah yang akurat.

Terbitkan slip gaji revisi yang menunjukkan rincian koreksi tersebut. Simpan seluruh dokumen (berita acara kesalahan, kesepakatan pemotongan, dan bukti transfer) sebagai arsip audit trail jika sewaktu-waktu ada pemeriksaan dari pengawas ketenagakerjaan atau auditor pajak.

Baca Juga: 10 Rekomendasi Aplikasi Payroll Gaji Karyawan untuk Multi Cabang 

Cara Koreksi Payroll yang Sudah Terlanjur Salah (Teknis)

Ketika kesalahan payroll sudah terjadi, baik gaji sudah diproses atau dana telah masuk ke rekening karyawan, Anda perlu bertindak cepat. 

Kesalahan payroll umumnya karena kekurangan bayar (underpayment) dan kelebihan bayar (overpayment). Berikut cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah:

A. Jika Terjadi Kekurangan Bayar (Underpayment)

Kekurangan bayar adalah kondisi paling sensitif karena berdampak langsung pada kondisi finansial karyawan. 

Pasalnya, dalam banyak kasus, karyawan mengandalkan gaji untuk memenuhi kebutuhan harian, sehingga kekurangan pembayaran harus ditangani dengan prioritas tinggi.

Langkah yang perlu Anda lakukan:

1. Identifikasi Kesalahan 

Di Indonesia, upah adalah hak pekerja yang dilindungi undang-undang. Pasal 54 PP 36/2021 menegaskan bahwa pengusaha wajib membayar upah pada waktu yang telah diperjanjikan.

Komponen yang sering salah adalah upah lembur, tunjangan makan/transport, atau pemotongan yang tidak sah.

Jika kesalahan terjadi pada upah lembur, perhitungannya harus menggunakan rumus 1/173 x Upah Sebulan sesuai standar Depnaker.

2. Pelajari Regulasi Sanksi Keterlambatan

Jika perusahaan terlambat membayar upah karena kesalahan sistem, perusahaan bisa dikenakan Denda Keterlambatan sesuai Pasal 61 PP 36/2021:

• Hari ke-4 sampai hari ke-8: Denda sebesar 5% untuk setiap hari keterlambatan dari upah yang seharusnya dibayar.
• Setelah hari ke-8: Denda tambahan sebesar 1% untuk setiap hari keterlambatan (total denda tidak boleh melebihi 50% dari upah).

Segera bayar kekurangan tersebut untuk menghentikan akumulasi denda ini.

Baca Juga: 7 Kesalahan Umum Hitung Pajak di Payroll & Cara Menghindarinya! 

3. Komunikasi Transparan

Secara regulasi, kesalahan bayar bisa memicu perselisihan hak. Sebaiknya, Anda melakukan pertemuan informal dan jelaskan bahwa kekurangan akan dibayar segera tanpa menunggu bulan depan untuk menghindari kesan perusahaan sengaja menahan hak karyawan.

4. Lakukan Pembayaran Off-Cycle

Idealnya, kekurangan bayar dibayarkan di luar siklus payroll berikutnya melalui off-cycle payroll atau transfer manual, agar karyawan tidak menunggu terlalu lama.

Off-cycle payroll sangat disarankan agar data masuk ke sistem payroll sehingga slip gaji (payslip) tambahan otomatis terbentuk.

5. Dokumentasi untuk Audit Ketenagakerjaan

Simpan bukti koreksi dalam berkas personalia. Dokumentasi ini berfungsi sebagai bukti jika sewaktu-waktu ada pemeriksaan dari Pengawas Ketenagakerjaan (Wasnaker) atau auditor internal/eksternal.

Adapun dokumennya yaitu:

• Formulir Koreksi Upah (ditandatangani HR & Karyawan).
• Bukti Transfer Bank.
• Update SPT Masa PPh 21.

B. Jika Terjadi Kelebihan Bayar (Overpayment)

Kelebihan bayar sering kali lebih rumit karena menyangkut pengembalian dana dari karyawan. Meski secara hukum perusahaan umumnya berhak melakukan penarikan kembali, pendekatan yang kurang tepat dapat merusak hubungan kerja.

Berikut cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah jika karena kelebihan bayar:

1. Pahami Dasar Hukum Pemotongan

Sebelum meminta dana kembali, Anda harus merujuk pada Pasal 63 PP 36/2021. Pasal ini menyatakan bahwa pemotongan upah oleh pengusaha untuk pihak ketiga atau untuk ganti rugi hanya dapat dilakukan atas dasar:

• Kesepakatan tertulis atau perjanjian kerja.
• Peraturan Perusahaan (PP) atau Perjanjian Kerja Bersama (PKB).
• Kelebihan pembayaran upah.

Meskipun perusahaan berhak mengambil kembali kelebihan tersebut, Anda tidak boleh memotong gaji secara total tanpa pemberitahuan.

2. Lakukan Diskusi Terbuka dengan Karyawan

Sampaikan kesalahan secara profesional dan tidak menyudutkan. Jelaskan nominal kelebihan bayar dan ajukan opsi pengembalian, misalnya dipotong bertahap di beberapa periode gaji berikutnya.

Secara teknis, Anda memerlukan surat kesediaan pemotongan upah. Pasalnya jika terjadi audit atau sengketa di Pengadilan Hubungan Industrial (PHI), bukti tertulis ini menunjukkan bahwa pemotongan tersebut bukan tindakan sewenang-wenang.

Isi surat mencakup: 

• Total kelebihan
• Alasan kesalahan
• Jadwal pemotongan (tenor)
• Tanda tangan kedua belah pihak.

3. Sepakati Skema Pengembalian Secara Tertulis

Buat ringkasan tertulis berisi jumlah yang dikembalikan, metode pemotongan, dan jangka waktu. Dokumen ini melindungi kedua belah pihak jika terjadi sengketa di kemudian hari.

4. Kasus Karyawan Sudah Resign

Ini adalah area abu-abu yang berisiko tinggi secara perdata. Jika karyawan sudah tidak bekerja, Anda tidak bisa melakukan pemotongan gaji. 

Namun yang bisa Anda lakukan yaitu mengirimkan surat somasi halus (pemberitahuan resmi). Jika karyawan menolak mengembalikan, perusahaan bisa menempuh jalur perdata (Wanprestasi/Perbuatan Melawan Hukum).

Namun biayanya seringkali lebih mahal dibanding nominal kelebihan bayar itu sendiri. Ini alasan pentingnya melakukan pengecekan sebelum sisa gaji/pesangon terakhir ditransfer.

Mengelola Koreksi Pajak (PPh 21) dan BPJS

Mengelola aspek PPh 21 dan BPJS saat terjadi kesalahan payroll adalah bagian yang paling kompleks karena melibatkan pelaporan kepada instansi pemerintah (DJP, BPJS Kesehatan, dan BPJS Ketenagakerjaan).

Jika mencari cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah, bisa ikuti cara berikut:

1. Identifikasi Penyebab & Perlakuan Pajaknya

Setiap penyebab memiliki perlakuan berbeda menurut Peraturan Direktur Jenderal Pajak No. PER-2/PJ/2024 (aturan terbaru terkait tarif efektif rata-rata/TER):

• Rapel Gaji: Jika ada kekurangan bayar, kenaikan penghasilan bruto di bulan tersebut dapat mengubah lapisan Tarif Efektif (TER) yang dikenakan pada karyawan.
• Perubahan PTKP: Sering terjadi karena perubahan status (menikah/punya anak) yang terlambat dilaporkan. Ini memerlukan hitung ulang dari Januari tahun berjalan.
• Resign di Tengah Tahun: Memerlukan perhitungan PPh 21 menggunakan tarif Pasal 17 (disetahunkan) untuk menentukan apakah ada kelebihan atau kekurangan potong di akhir masa kerja.

2. Rekonsiliasi Data Payroll

Lakukan cross-check antara:

• Data Riil: Uang yang benar-benar diterima karyawan.
• Data Pelaporan: Apa yang sudah terlanjur dilaporkan di e-Bupot PPh 21 dan aplikasi SIPP/Edabu BPJS.
• Selisih: Angka inilah yang akan menjadi dasar Pembetulan atau Adjustment.

3. Mekanisme Pembetulan SPT Masa PPh 21

Jika kesalahan terjadi pada bulan-bulan sebelumnya yang sudah lapor (sudah dapat BPE/NTTE):

• Kekurangan Setor: Anda harus melakukan Pembetulan SPT Masa di aplikasi e-Bupot. Jika mengakibatkan kurang bayar, perusahaan wajib menyetor kekurangannya ke bank persepsi sebelum lapor pembetulan. Hati-hati dengan sanksi bunga keterlambatan sesuai UU KUP.
• Kelebihan Setor: Jika perusahaan memotong pajak terlalu besar, nilai kelebihannya dapat dikompensasikan ke Masa Pajak berikutnya. Artinya, setoran pajak bulan depan akan dikurangi sejumlah kelebihan tersebut.

4. Penyesuaian Iuran BPJS (Adjustment)

Cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah untuk koreksi iuran di BPJS sedikit berbeda karena sistemnya berbasis data upah bulanan. Adapun yang bisa Anda lakukan yaitu:

• BPJS Ketenagakerjaan (SIPP Online)

Gunakan fitur Adjustment di periode berjalan. Jika ada kekurangan iuran bulan lalu, masukkan selisihnya sebagai “Rapel Upah” agar saldo JHT karyawan tetap akurat.

Namun perlu Anda ingat, Iuran BPJS TK tidak bisa “minus”. Jika terjadi kelebihan bayar, biasanya dikompensasikan dengan mengurangi nilai iuran di bulan berikutnya melalui koordinasi dengan Account Representative (AR) BPJS setempat.

• BPJS Kesehatan (Edabu)

Sistem Edabu menggunakan batas atas (plafon) upah. Jika terjadi kesalahan input upah yang melewati plafon, segera lakukan koreksi data upah sebelum tanggal 20 agar tagihan (billing) bulan berikutnya akurat.

5. Dokumentasi dan Audit Trail

Sesuai standar akuntansi dan perpajakan di Indonesia, setiap koreksi harus memiliki bukti pendukung:

• Bukti Potong (Bupot) Pembetulan: Berikan Bupot yang benar kepada karyawan jika diminta.
• Berita Acara Koreksi: Dokumen internal yang menjelaskan mengapa koreksi dilakukan, ditandatangani oleh Manajer HR/Finance.

Baca Juga: Potongan Pajak Gaji PPh 21: Jenis & Cara Hitung sesuai Skema TER Terbaru 

Tips Menjaga Hubungan Baik dengan Karyawan Saat Terjadi Kesalahan

Cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah memang bisa diikuti, tetapi jika dampaknya memicu emosi negatif karyawan, dampaknya hubungan baik bisa terancam.

Agar situasi tidak berkembang menjadi konflik, Anda bisa menerapkan tips-tips berikut saat terjadi kesalahan:

1. Bersikap Transparan Sejak Awal

Sampaikan kesalahan secara jujur dan terbuka. Karyawan cenderung lebih menerima jika merasa dihargai dan tidak ditutup-tutupi.

2. Fokus pada Solusi, Bukan Menyalahkan

Hindari menyalahkan individu atau karyawan. Tekankan bahwa kesalahan berasal dari proses, bukan niat buruk, dan jelaskan solusi yang akan dilakukan.

3. Libatkan Karyawan dalam Pengambilan Keputusan

Khusus untuk kasus kelebihan bayar, libatkan karyawan dalam menentukan skema pengembalian yang paling realistis bagi mereka.

4. Tindak Lanjuti dengan Cepat

Respons yang lambat justru memperburuk persepsi. Semakin cepat Anda memperbaiki kesalahan, semakin kecil dampaknya pada moral karyawan.

5. Perbaiki Sistem agar Tidak Terulang

Tunjukkan bahwa perusahaan belajar dari kesalahan. Perbaikan sistem payroll dan kebijakan internal akan meningkatkan kepercayaan karyawan ke depannya.

Cara Mencegah Kesalahan Payroll di Masa Depan

Mencegah kesalahan payroll selalu lebih baik daripada harus mengoreksi setelah gaji dibayarkan. 

Selain hemat waktu, Anda tidak perlu melakukan perhitungan ulang. Untuk itu, ada beberapa langkah yang bisa Anda terapkan agar proses payroll lebih akurat, di antaranya:

1. Ikuti Update Regulasi Payroll dan Ketenagakerjaan

Aturan ketenagakerjaan dan perpajakan, seperti PPh 21, BPJS, serta komponen upah, dapat berubah sewaktu-waktu. 

Jika menggunakan aturan lama, perhitungan gaji berisiko tidak sesuai regulasi. Pastikan Anda rutin mengikuti update kebijakan dan mencatat tenggat penting dalam kalender payroll.

2. Biasakan Double-Check Data Input Sebelum Payroll Diproses

Sebelum menjalankan penggajian, lakukan pengecekan ulang pada data absensi, lembur, tunjangan, potongan, hingga informasi pajak karyawan. 

Proses double-check ini sederhana, tetapi sangat berguna untuk mencegah kesalahan fatal dan membuat Anda tidak perlu melakukan koreksi payroll yang sudah terlanjur salah.

3. Gunakan Checklist Payroll

Membuat checklist membantu Anda memastikan tidak ada tahapan yang terlewat, mulai dari pengumpulan data absensi, approval, perhitungan gaji, hingga pelaporan pajak. 

Dengan alur yang terdokumentasi, risiko kesalahan akibat proses yang terburu-buru dapat ditekan secara signifikan.

4. Lakukan Audit Payroll secara Berkala

Audit berkala membantu Anda mengidentifikasi kelemahan sistem, ketidaksesuaian data, atau pola kesalahan yang berulang. 

Dari hasil audit ini, Anda bisa melakukan perbaikan proses sebelum kesalahan berdampak lebih luas.

5. Sederhanakan Proses Payroll Tanpa Mengurangi Akurasi

Payroll adalah proses yang sensitif terhadap waktu, sehingga alur yang terlalu rumit justru meningkatkan risiko kesalahan. 

Lebih baik sederhanakan proses dengan memangkas langkah manual yang tidak perlu agar proses Anda bekerja lebih konsisten.

6. Tingkatkan Keamanan Data Payroll

Data payroll bersifat sangat rahasia dan sensitif. Kebocoran data dapat menimbulkan masalah serius. 

Pastikan akses data dibatasi, dokumen terlindungi, dan distribusi slip gaji dilakukan secara aman.

7. Buat Otomatis Menggunakan Software Payroll

Menggunakan software payroll seperti KantorKu HRIS membantu proses penggajian menjadi lebih rapi, akurat, dan hingga 83% lebih cepat dibandingkan proses manual. 

Seluruh data karyawan, mulai dari absensi, lembur, tunjangan, hingga komponen payroll lainnya, sudah terintegrasi dalam satu sistem dan dihitung otomatis menggunakan kalkulator payroll.

Anda cukup melakukan satu kali klik untuk transfer gaji massal (disbursement) ke berbagai bank tanpa biaya administrasi tambahan. 

Proses ini tidak hanya menghemat waktu, tetapi juga meminimalkan risiko human eror.

Baca Juga: 15 Manfaat Software Payroll bagi Bisnis, Hitung Gaji & Kirim Massal 

Buat Payroll Minim Kesalahan dengan KantorKu HRIS, Langsung Siap Disburse!

Daripada rumit memikirkan cara koreksi payroll yang sudah terlanjur salah, sebaiknya mulai menggunakan software payroll otomatis dari KantorKu HRIS.

Dengan ini, Anda bisa membuat payroll yang lebih rapi, minim kesalahan, dan siap ditransfer tanpa ribet.  

Seluruh proses penggajian dapat diotomatisasi dalam satu dashboard yang fleksibel dan mudah dikonfigurasi tanpa menyentuh kode teknis.

Dengan KantorKu HRIS, Anda dapat:

• Menghitung gaji otomatis beserta BPJS, lembur, tunjangan, dan PPh 21 sesuai regulasi terbaru.
• Melakukan transfer gaji massal ke rekening payroll dengan satu kali klik.
• Menyediakan slip gaji digital yang aman dan bisa diakses karyawan kapan saja.
• Menyesuaikan komponen gaji, benefit, dan kebijakan payroll sesuai kebutuhan perusahaan.

Sudah saatnya meninggalkan perhitungan payroll manual, saatnya beralih ke aplikasi pembayaran gaji karyawan dari KantorKu HRIS agar proses penggajian selesai lebih cepat.

Ingin coba menjalankan payroll otomatis? Book demo gratis sekarang agar Anda bisa mencoba sendiri cara kerjanya!

Referensi:

15 Payroll Tips and Tricks to Use in 2025 | NetSuite

Top 9 Payroll Mistakes & How to Avoid Them | Rippling

How to Handle Accidentally Over or Underpaying an Employee | Synerion

10 Payroll Mistakes, Errors, and Issues [+ How to Fix Them] | Paycor